Met Nieuw Nederlands Junior Lezen volgen alle leerlingen gezamenlijk de instructie. Er wordt gewerkt met convergente differentiatie, slechts de verwerking vindt plaats op drie niveaus. De zwakke en gemiddelde lezers werken in het Basisboek, de sterke lezers werken in het Plusboek. Leerlingen worden uitgedaagd en krijgen ondersteuning op eigen niveau. Daarnaast is er preteaching: een kwartier extra begeleiding voor de zwakkere lezer voor aanvang van de les. Voor de leerkracht is er duidelijke begeleiding en handvatten voor begeleide inoefening en verlengde instructie.

Sterke lezers hebben een eigen uitdagende leesroute in het Plusboek, met voor technisch lezen teksten die twee tot drie AVI-niveaus hoger liggen dan in het basis leerwerkboek. Bij de teksten van Begrijpend lezen, Lekker lezen en soms ook Vloeiend lezen bevat de pluslijn opdrachten in de hogere orde taxonomie van Bloom. Ook is er voor sterke lezers in groep 4 t/m 6 per week een kwartier gereserveerd voor instructie, feedback en evaluatie op hun werk. Per jaargroep is er een Leesmaatje met extra oefen- en remediëringsstof bij elke les Goed en vlot lezen, in woordrijen, zinnen en teksten.

Bij elke les wordt er afgesloten met een evaluatieblokje waarbij leerlingen invullen of ze het leerdoel hebben bereikt. In aanvulling op de methode-onafhankelijke toetsen van Cito biedt Nieuw Nederlands Junior Lezen optionele methodegebonden toetsen om naast de eigen observaties de vinger aan de pols te houden. Na elke twee blokken is er ruimte voor een toetsweek, waarin vier soorten toetsen afgenomen kunnen worden. Er worden optionele Leestoetsen, Woordtoetsen, Teksttoetsen en Begrijpend lezentoetsen geboden. In totaal zijn er per jaar vier toetsweken.